Em geral, o cálculo da Substituição Tributária é complexo e possui muitas regras que devem ser observadas de acordo com a operação que será realizada e a legislação de cada estado, já que o ICMS é um tributo de competência estadual.
De uma maneira simplificada, no caso em que o fabricante for efetuar o recolhimento, deverá ser verificado, na legislação do estado de destino da mercadoria, qual a presunção dada pela aplicação em grande parte do percentual de MVA, que é a Margem de Valor Agregado a ser adicionada ao preço praticado pelo fabricante já somado a outros gastos, como frete e encargos diversos. Dessa forma, é possível chegar ao valor que será utilizado como base de cálculo do imposto.
Importante: essa é apenas uma das formas definidas na legislação para se chegar à base de cálculo, pois essa presunção também ocorre por definição de Preço Médios Ponderados, como no caso das bebidas e preços tabelados e de medicamentos em que se utiliza o PMC.